目前美国、欧盟等先后开展了不同烟草品种的EST测序，并已获得了一定数量的烟草EST数据，但我国在烟草重要功能基因表达调控、代谢网络等分子水平的基础还相当薄弱。因此，充分利用我国的种质资源，建立不同种质在逆境诱导、不同发育时期以及不同组织器官的cDNA文库，分离克隆与烟草生长、发育、抗逆、抗病、品质等有关基因的全长序列、调控因子以及特异启动子，研究其表达模式，进行基因表达产物分析、转基因功能验证及生理遗传学分析，对于确定基因功能，进而分析这些基因在烟草遗传改良中的利用价值和途径具有重要意义。
2．研究内容 （1）烟草cDNA文库的构建及测序。构建普通烟草不同组织、不同时期的全长cDNA文库；
构建逆境诱导的特异组织的全长cDNA文库；
构建特定烟草品种（品系）特定组织的全长cDNA文库；
挑选克隆并进行测序。
（2）基因挖掘与生物信息学分析。对测序数据进行拼接，对非重复全长cDNA序列进行功能注释和功能分类及代谢网络分析；
建立烟草不同时期的基因表达谱以及全长cDNA序列的检索和比对数据库。
（3）重要功能基因研究。利用生物信息学分析得到的相关基因的表达谱信息，鉴定重要的功能基因并开展关键基因的详细表达谱研究和功能分析。
3．经济技术指标 （1）完成覆盖烟草重要发育时期根、茎、叶、花等不同组织器官和特殊烟草种质特异组织的全长cDNA文库30个左右。通过全长文库构建、全长克隆完全测序和数据拼接等，分离鉴定烟草的全长cDNA序列2万条左右。
（2）建立烟草基因表达、检索及分析的基础数据库。
（3）分离与烟草香气、烟碱和有害物质代谢作用网络以及氮磷钾营养高效、抗病、抗旱、耐盐碱等性状相关的基因及调控因子300个以上，其中鉴定关键基因5个以上，同时进一步分析表达谱并验证其功能，获得5个以上重要基因功能验证的烟草材料。
本项目的创新点在于，一是建立一批覆盖烟草重要发育时期、不同组织器官和特殊烟草种质的全长cDNA文库，建成国际上规模最大、种类最多的烟草cDNA文库，并测序获得基因全长序列；
二是分析基因表达特征谱，探索在特定材料、特定时期、特定组织活跃表达且起重要作用的基因，以确定重点研究分析并具有应用前景的烟草功能基因，将使我国在烟草功能基因组研究领域在国际上占有一席之地。
本项目的关键技术在于，一是通过全长cDNA文库的构建及均一化，获得高质量的全长cDNA；
二是通过烟草表达基因数据库的开发，建成比较完善的烟草基因相关信息的检索平台；
三是分离与烟草品质、营养性状相关的基因，并进行功能验证。
二、应标情况 标书 序号 应标单位 综合 评估分 评标 排序 评标结论 1 主标单位中国农业科学院烟草研究所 参标单位西南大学 贵州省烟草科学研究所 89.7 1 中标 候选人 2 主标单位河南农业大学国家烟草栽培生理 生化研究基地 参标单位中科院上海生命科学研究院植物 生理生态研究所 国家基因研究中心中科院遗传与 发育学研究所 86.7 2 中标 候选人 3 主标单位武汉大学 参标单位上海联众科技研究院司 64.7 10 / 4 主标单位上海人类基因组研究中心 参标单位河南省农业科学院烟草研究中心 72.8 5 / 5 主标单位广州大学 参标单位中国烟草中南农业试验站 76.0 4 / 6 主标单位中国烟草总公司郑州烟草研究院 参标单位中国农业科学院生物技术研究所 中科院武汉病毒研究所 72.7 6 / 7 主标单位黑龙江省烟草科学研究所 参标单位上海市农业科学院 中国农业科学院生物技术研究所 黑龙江八一农恳大学 70.3 7 / 8 主标单位北京华大烟草基因研究开发中心 参标单位北京华大基因研究中心 中科院北京基因组研究所 山东省烟草专卖局 82.2 3 中标 候选人 9 主标单位福建农林大学 参标单位 64.9 9 / 10 主标单位山东农业大学 参标单位 67 8 / 本招标项目及内容在行业内外产生了巨大反响，行业内外科研院所对标书响应非常踊跃，通过烟草全长cDNA文库的构建、基因表达数据库的建立和重要性状功能基因的鉴定，有助于从分子水平解析烟草生长发育、品质形成、抗逆、抗病及物质代谢的机制，为烟草品种遗传改良鉴定坚实的理论基础。因此共有10家单位主标应标，行业内4家、行业外6家，加上参标单位，共有23家单位参加了这次投标活动。
三、评标标准 鉴于本项目是全面启动烟草基因组计划重大专项的基础研究工作，攻关任务要求较高，投标单位必须具有较好的研发能力、切实可行的技术路线和较好的组织运作模式。评标标准是基于以上考虑制定的。
评标标准（附后）由三部分内容组成 1．研发能力。包括工作基础、技术力量和设备条件。
2．技术方案。包括现状分析、研究内容、技术路线、技术指标和创新程度。
3．组织运作。包括运行机制、进度安排和经费预算。
三部分的权重设定为30∶40∶30。
四、评标意见 第一名中国农业科学院烟草研究所，综合评分89.7分。
第二名河南农业大学国家烟草栽培生理生化研究基地，综合评分86.7分。
第三名北京华大烟草基因研究开发中心，综合评分82.2分。
3家中标候选人均对项目提出的主要研究内容和经济技术指标进行了较好的响应，技术方案较好的把握了招标项目的技术要求，提出的技术路线基本合理，并有一定创新性。3家中标候选人均采用行业内外联合攻关的模式，充分利用各方的技术力量和设备条件，优势互补。
中国农业科学院烟草研究所（青州烟草研究所）有良好的烟草育种工作经历，有丰富的烟草遗传资源和较好的技术储备，但还需加强cDNA序列分析、cDNA文库构建及生物信息学方面研究力量。国家烟草栽培生理生化基地在烟草腺毛cDNA文库构建、烟草遗传转化、烟碱合成、品质改良等方面有较好的研究基础，参标单位在cDNA序列分析及生物信息学方面具有一定优势。北京华大烟草基因研究开发中心曾参与过其他作物的基因组计划，基因测序方面实力雄厚，但投标内容相对简单，对cDNA文库利用等后续工作需要加强。
为确保该项目的顺利实施，评标委员会建议第一名与第二、三名联合攻关。
8 烟草cDNA文库构建及重要基因表达谱研究项目评标细则 标书 序号 招标单位 研发能力30分 技术方案40分 组织运作30分 总分 排名 工作 基础 （10分） 技术 力量 （10分） 设备 条件 （10分） 现状 分析 （10分） 研究 内容 （5分） 技术 路线 （10分） 技术 指标 （10分） 创新 程度 （5分） 运行 机制 （10分） 进度 安排 （10分） 经费 预算 （10分） 说明 1、研发能力（30分） （1）工作基础（10分）。投标单位（包括联合投标单位）以前应完成过相关研究工作；
具备研究所需要的材料基础；
已建立起较完整的技术平台。
（2）技术力量（10分）。项目负责人须具有较高的专业技术水平，业绩突出，有较强的组织协调能力；
项目参加人员技术研究水平高，专业配置合理，技术力量能够保证项目实施的需要。
（3）设备条件（10分）。投标单位应具备项目研究开发需要的仪器设备，具有良好的研发条件和基础设施。
2、技术方案（40分） （1）现状分析（10分）。A.准确、全面地了解和分析国内外该项目技术领域的研究现状和发展趋势，对存在的问题有较深刻的了解（5分）。B.项目的研究内容符合行业的可持续发展方向，符合产业发展的需求重点、热点和难点，利于全面提升产业技术水平，有非常好的应用前景或市场前景，研究结果对烟草基因组计划后续研究具有较好的支撑作用（5分）。
（2）研究内容（5分）。涵盖攻关内容，重点突出，关键问题选择准确。
（3）技术路线（10分）。技术路线具有科学性、可行性，方案可靠，又具有先进性和创新性。
（4）技术指标（10分）。技术指标合理，达到国内或国际先进水平。符合攻关目标，构建cDNA文库30个左右，分离鉴定全长cDNA序列2万条左右，鉴定关键基因5个以上。
（5）创新程度（5分）。总体技术水平填补国内空白或重点突破。
3、组织运作（30分） （1）运行机制（10分）。投标单位须具有良好的运行机制，明确项目实施的组织、管理、方法、步骤，与联合投标单位有联合协作的基础，项目参加人员工作职责明确，责任到位。
（2）进度安排（10分）。项目进度安排合理，可信程度高、科学性强，考核指标合理。