十八世纪中叶，清政府统一新疆以后，实行了因俗而治的统治方针，在维吾尔族地区继续沿用伯克制，并进行了一系列改革，使之成为清朝地方官制的一个重要组成部分。十九世纪中晚期，随着社会的发展，伯克制越来越成为维吾尔族地区社会生产发展的桎梏，在农民起义和农民战争的不断冲击下，于光绪十三年(1887年)被清朝政府正式废除。研究清王朝时期的伯克制的产生、发展，直至灭亡的过程，不仅对研究维吾尔族历史，尤其是研究维吾尔的政治制度史具有必要性，而且对于我们了解清朝政府对维吾尔族地区的民族政策，对于认识我国统一的多民族大家庭进一步发展、巩固的历史进程，也具有重要意义。
一、清政府统一新疆后施行的伯克制度
“伯克制”是我国维吾尔族和中亚一些突厥语系民族历史上形成的一种官制，伯克一词是一个古老的突厥词汇。此字究竟是源于汉语的“伯”，还是源于中古伊朗语bege(神)，学者们意见尚不一致。在不同的时期、不同民族中含义不尽相同，在唐代突厥中，“匐”(伯克)一词主要指特权者或贵族，有时行政长官也用此号，受伊斯兰教传播的影响，在中亚地区“伯克”一词常与阿拉伯语“艾米尔”(Emir)、波斯语“米尔咱”(mirza)混称，明代以后在新疆及中亚定居民族，如维吾尔族、乌孜别克族中，“伯克”一词已成为对官吏的泛称，“回人亦有官职制度，所谓伯克者，即其官也。”“伯克，回语，官长之称。”“回部官职大小有差伯克统其名也。”十六世纪初，在维吾尔人建立的叶尔羌汗国，伯克是军事官员的专称，各地驻军首领均被统称为“伯克”，而行政官员则被称为“阿木奇”。十八世纪时，准噶尔部统治天山南部，伯克和阿奇木逐渐合而为一，出现了“阿奇木伯克”的称呼，后来，伯克发展为一切官职的泛称，所有掌职不同的官员，都要在职名后面加上“伯克”二字。伯克制度形成在赛义德王朝时期(即清朝统一新疆之前)，伯克制度的形成，“经过十四至十六世纪的发展，至赛义德王朝就基本形成了，十七世纪初臻于完善，伯克制度的形成，主要是蒙古贵族及其后裔的统治，和伊斯兰教在新疆传播的结果。至于清朝，只有在业已形成的旧有制度的基础上才能够进行改造为其所用。乾隆二十三年(1758年)，平定大小和卓的战争开始不久，乾隆即表示：“但擒获逆裔后，仍令选本处伯克，令其办事。”清朝政府有选择地任命一批伯克作为政府官员管理地方行政，按品级给予俸禄，又限制其对土地和燕齐的占有数，其法定数是：三品伯克拥有养廉地1060石籽种地亩，燕齐100人，四品伯克79石籽种地亩，燕齐50人；五品伯克530石籽种地亩，燕齐30人；六品伯克265石籽种地亩，燕齐15人，七品伯克159石籽种地亩，燕齐8人。自乾隆二十四年七月至二十五年十二月清朝政府在调查维吾尔族地区存在的伯克称名及其职掌的同时，陆续任命了阿克苏、乌什、库车、和阗、喀什噶尔、叶尔羌(今莎车)、喀喇沙尔(今焉耆)等三十一个地区大小二百六十余名各级伯克，使其从事当地行政、司法、田赋、税务、治安等各项民政事务。尔后，清朝政府又以喀什噶尔为参赞大臣驻节之所，节制南疆各城，其余诸城大者又设办事大臣，小者设领队大臣，统归伊犁将军管辖。至二十七(1762年)，清朝政府基本确立了对维吾尔族地区的统治形式。
二、清政府对伯克制度的改革
清王朝对伯克制度并不是完全按照旧有存在形式进行使用，而是在“因地制宜，因俗而治”的基础上予以改造，使其成为适合清王朝大一统体制下完备官职制度，关于清王朝对伯克制的改造，《回疆志》《西域同文志》《西域图志》《平定准噶尔方略》诸书记载较多，其主要内容主要包括如下几个方面：
(一)废除伯克世袭制度
在叶尔羌汗国时期，由于蒙古贵族主要采用封建采邑制剥削方式，所以伯克制是世袭的，在清朝统一新疆时，南疆地区基本上由几家豪门望族把持着政权，他们互相勾结，互相支持，共同维护着本阶级的利益，地方机构世袭制的存在不利于中央集权的统治。嘉庆十九年清政府颁定的《回疆则例》明确规定伯定不准世袭，以法律的形式对这一禁令作了规定。清王朝对伯克选任标准强调对清政府的效忠态度，在统一过程当中有军功者，接受清政府分封爵职时将优先予以特别的政治待遇。对伯克世袭制度的废除，使维吾尔族的伯克在形式上变成了与内地省府州县相同的流官，消弱了伯克们旧有的权势，有利于清政府对这一地区统治的加强。
(二)伯克任职实行回避制度
伯克制作为清朝统一新疆前维吾尔族旧有的一种统治制度由来以久，伯克们有着深厚的统治基础，其辖地往往是他们的世袭领地，清朝统一新疆后，为有效地防止伯克势力尾大不掉局面的出现，对伯克的任命实行了回避制度。伯克回避分为两类：一是地区回避。《回疆则例》明确规定：“回避三品至五品伯克缺出，由参赞大臣拟定正陪，奏请补放，凡本城阿奇木伯克及各城庄阿奇木、伊什罕伯克，均令回避本处。六品以下伯克缺出，由各该城大臣报参赞，咨部补放，免其送验，照例无庸回避本处。”实际上，大小伯克在任时都实行回避制度，只不过大伯克必须回避本地区，而小伯克仅在本地区范围内易地调补，即如那彦成所说：“大伯克回避本成，小伯克回避本庄。”二是亲族回避，乾隆三十年，伊犁将军明瑞建议：“都官伯克(掌管馆驿职责)之补宜公，查刻伯克总办回人差务，最易射利居奇，且有阿奇木等子弟亲戚居为利薮，请嗣后该伯克缺出，必与伊沙噶、噶杂纳齐、商伯克公同保举，其阿奇木族姻俱令回避。”要求禁止阿奇木族姻子弟在其任下担任下担任可谓之为肥缺的都官伯克。这一规定后来被写入《回疆则例》，作为永久制度被保留下来。
(三)制定品级，颁发印记，规定养廉措施
清政府乾隆二十六年颁发了阿奇木伯克的图记，该图记承袭了以往惯例，按种类标示品级，规定喀什噶尔、叶尔羌、阿克苏、和阗为四大城；乌什、英吉沙、库车、辟展为四中城；沙雅尔、赛里木、拜城、库尔勒、玉古尔、牌租阿巴特、塔什巴里克、哈喇哈什、克勒底雅、玉陇哈什、齐尔拉、塔克、阿斯腾阿拉图、阿喇古、玉斯腾阿拉图什、齐尔拉、塔克、阿斯腾阿拉图什、阿喇古、玉斯腾阿拉图什、英额奇盘、巴尔楚克、纱尔呼勒、鲁克察克、托克三、喀喇和卓、洋赫、克勒品等为二十三小城。图记的尺寸，“大城图记分寸，视内地的佐领，中小等城，依次递减。”清政府设置的伯克品级自三品到七品不等，为了照顾少数民族上层利益，伯克的品级设置高于内地州县官员。伯克按品级享受规定数量的养廉地，燕齐农民(种地人)和养廉银。较为优厚的待遇。伯克的俸禄是按品级高低授予土地和种地人体现的。“自三品至七品，各以授地为差”。除土地和种地人以外，清政府还给种地人各级伯克一定的养廉钱。清政府给伯克们制定口级颁发印记，规定养廉措施，在一定程度上保证了伯克们旧有的政治和经济地位，解决了他们 的衣食之源，便于争取和拉拢维吾尔族上层统治者，对于尽快稳定南疆社会秩序起到了积极的作用。
(四)实行年班入觐
年班入觐制度是清王朝笼络边疆少数民族上层统治者的一个主要措施，规定少数民族上层人士每逢年节来京，朝见皇帝，瞻仰朝廷威仪，参加朝廷的各种活动，借以坚定其效忠朝廷的决心。伯克人觐一直实行到新疆建省后伯克制度的废除为止。伯克们在年班入觐时沿途进行商业贸易，即带动了新疆经济的发展又促进了中央与边疆的物品和文化的交流，在一定程度打破了南疆地区相对封闭的局面，有利于各民族之间的进一步融合。伯克年班入觐体现了新疆地方对中央政权隶属关系，又加强了伯克们的政治地位。
三、结束语
清王朝因俗而治的方针政策，用清代学者李兆洛的话说是：“修其教不易其俗，齐其政不易其宜”。新疆被重新统一后鉴于南疆的种族、宗教、语言、风俗习惯与内地不同，依其旧俗设阿奇术伯克。中央派遣的驻扎大臣有权监督、过问及至直接参预民政事务，决定伯克的升迁黜陟，对新疆进行间接统治。将新疆纳入中央的管理体系，清政府尊重少数民族习惯，继续使用了各类旧有名称来设置官员，这实际上是把少数民族地区旧有的社会制度纳入了中原王朝的行政体系当中。出于对旧有伯克的笼络，道光皇帝对伯克们要求留发以示爱戴之诚，只准许阿奇木以下至四品伯克及尽忠有功伯克之子孙蓄发以示尊荣，其余均不准蓄发。清政府统一新疆后对其原有的伯克制度进行改革，各级伯克仍各留其名，各司其事，添裁升降，定品级奏请赏给顶翎，各按地方大小、繁简、酌给养廉，禁其横征，颁其钤印，专其职守，今已严如中国官员秩然矣!表面上看，清朝对南疆维吾尔族地区的统治采取的是间接的形式，而在对伯克的诸项政策的限制下，实际上却有直接的统治效果。清朝对伯克制的改革，巩固和加强了国家的统一和清朝政权的统治，促进了南疆社会经济的发展。在政治上由于保持特殊，易于清廷收复和统治，社会文化上由于保存固有的传统，易于边疆少数民族的接受和归顺。当时的伯克制度有利于清朝的统治，和国家边疆的稳定。但是伯克制度的实施也存在自身的弊端。清朝在新疆地区设立伊犁将军，实行军府制度，但对于南疆地区，军府除了对各级伯克的任免事项以外，只管军政，不理民事，民政事务都由各级伯克治理，再加上中央的监督不力，出现伯克们鱼肉百姓的情形。清政府的改革并不能消除广大农民与伯克们的阶级矛盾、中央与以伯克们为代表的地方势力之间的矛盾。因此，废除伯克制实行郡县制是历史发展的必然。