以人为本，必须尊重人民多姿多彩的思想。 思想自由包括信仰自由、表达思想的自由。思想自由是举世公认的公民权利，是人民极其重要的精神福利。人类社会不是养鸡场，人不是动物。人是要思想的，而且要把思想诉诸文字，形成各种文化载体。尊重人民的自由思想，培养全民族独立思考的精神，对科学、教育、文化、学术、艺术、出版事业的发展和社会的全面进步是至关重要的。思想自由保障的程度，决定着一个国家的核心竞争力和软实力的强弱。
不应允许任何人充当“理论警察”来钳制人民思想，更不允许用行政手段不适当地介入学术争议。马克思认为，政府官员不适当干预人民思想会造成窒息人民独立思考的严重后果。他在《评普鲁士最近的书报检查令》中指出：“追究思想的法律是以无思想和不道德而追求实利的国家观为基础的”，“追究思想倾向的法律取消了公民在法律面前的平等。……这不是法律，而是特权。”在这篇光辉文献中，马克思还认为，人民能否享有思想自由是人民是否幸福的重要标志。他说：“当你能够想你愿意想的东西，并且能够把你所想的东西说出来的时候，这是非常幸福的时候。”
毛泽东同志说：“艺术上不同的形式和风格可以自由发展，科学上不同的学派可以自由争论。利用行政力量，强制推行一种风格，一种学派，禁止另一种风格，另一种学派，我们认为会有害于艺术和科学的发展。”学术上的是非，包括政治科学、政治制度上的认识，应当由公民自由讨论，由学者自由争鸣，真理和共识自然会脱颖而出。正如英国启蒙主义思想家边沁所言：在一个法治的政府之下,善良公民的座右铭是什么？那就是“严格地服从，自由地批判”。 唯有严格的服从，才能保证秩序；唯有自由的批判，才能保证创新。
美国开国先贤的远见卓识,闻名于世的《弗吉尼亚宗教自由法令》奠定了思想自由的法治基础。该法体现了人类包容精神的大智慧，对后世产生了深远的影响。该法对政府官员伸入公民思想领域的不良后果作了深刻阐述。其中规定：“如果我们允许政府官吏把他们的权力伸张到思想信仰领域里面，容他们假定某些宗教的真义有坏倾向，因而限制人们皈依或传播它，那将是一个非常危险的错误做法，它会马上断送全部宗教自由。因为在判断这些倾向时，当然是这个官吏作主，他会拿他个人的见解，作为判断的准绳，对于别人的思想，只看是否和他自己的思想相同或不同，而予以赞许或斥责。”
这部法律还回答了一部分人的担忧，那就是思想自由、言论出版自由是否会带来所谓“错误观点”的传播问题。法令指出：“真理是伟大的，只要听其自行发展，它自然会得到胜利；真理是谬误的适当而有力的对手，在它们的斗争中，真理是无所畏惧的，它只怕人类加以干扰。”“一切谬误，只要到了大家可以自由反驳的时候，就不危险了”。从这个意义上说，大力引导人们尊重他人思想自由、言论自由，培养人们的宽容精神，才是科学的、有益社会的、正确的舆论导向。新中国的历史上，曾经出现过不少简单的决策错误，归根结底是缺乏充分的、自由的讨论造成的。
美国人口占世界人口总数的比例不到5%，其获得诺贝尔科学奖的人数却占全球获得该奖人数的70%以上；而我国人口占全球人口的20%，而在中国的本土上，却没有一个人获得诺贝尔科学奖。这既不是中国穷，也不是中国人笨，而是我国旧的意识形态管理方式抑制了社会的精神生产。我们可以动员全国、全省、全市、全县的人力物力搞一个大工程，却难以培养出哪怕很少的世界一流的科学家、思想家。在有的地方的有的部门，以“钦差大臣”自居的“社科警察”、“真理法官”、“思想裁判”的存在，损害了我们民族的独立思考精神、创造精神、包容精神，阻碍了我们社会的发展。
科学的兴盛、文化的繁荣、思想的活跃、学术的进步、教育的优化、道德的进步，都对意识形态管理的观念和制度创新提出了更高要求。我们应当充分学习人类社会实践早已发现的客观规律，解放思想，实事求是，与时俱进，创新管理，实现思想引导和思想自由的辩证统一，为中华民族的伟大复兴服务。